Великая Отечественная война поставила железнодорожный транспорт в чрезвычайно тяжелые условия. Во всех учреждениях страны вводилась военная дисциплина, настало время безоговорочного выполнения приказов.
В августе 1941 года в Сибирь начали прибывать эшелоны с ранеными. По указанию военного ведомства учебный корпус техникума был подготовлен под госпиталь. Коллектив техникума своими силами достроил физкультурный зал, в котором в три с половиной смены велись учебные занятия.
Требования к знаниям студентов были очень высокие. Занятия шли по 8-10 часов в день. Учебная и производственная практики проходили на паровозовагоноремонтном заводе (ПВРЗ), где студенты ремонтировали искорёженные, прострелянные вагоны и паровозы. Работали в военных, так называемых, номерных цехах, изготавливали инструмент.
Дипломные проекты защищали при комиссии от ПВРЗ, председателем которой был главный инженер завода Шаройко, а учились тогда 3-3,5 года (были и досрочные выпуски).
Преподавателями были работники завода и эвакуированные специалисты из Харькова и других заводов: Батурин Н.В., Бусовиков В.Р., Большаков В.С., Колосова А.И., Левин К.Н., Астафуров И.С., Фармагей З.М. и другие. «Конструкцию и технологию ремонта вагонов» преподавал Астафуров И.С., «Технологию металлов» и «Устройство и эксплуатацию автотормозов» – Батурин Николай Васильевич, он же был заместителем директора по учебной части, но кабинета и лаборатории не было, изучали тормоза в цехах завода. Фармагей Зинаида Михайловна преподавала «Технологию обработки дерева», вела дипломное проектирование. «ПТЭ и безопасность движения поездов» преподавал Холин Федор Фролович. Директором в военные годы был Томин Петр Филиппович, хороший организатор, заботливый руководитель, душевный человек, грамотный специалист, преподавал «Теплотехнику».
Военное положение требовало очень точного исполнения служебных обязанностей и от всех работников и студентов техникума. Военруком тогда был Подвласов Вениамин Игнатьевич, который строго контролировал дисциплину. Опоздание на 10-15 минут являлось тяжким проступком и строго каралось, не говоря уже о прогуле или неявке на занятия по неуважительным причинам. Для нерадивых студентов существовала «губа», где могли оказаться как юноши, так и девушки (без еды, без ремня и без шнурков).
Обязательными стали занятия по военному делу, которые проводил Кузнецов Николай Иванович, комиссованный после ранения в 1941 году и назначенный преподавателем техникума. Он знал – что такое война, и жёстко требовал выполнения всех нарядов, следил за умением пользоваться оружием, меткостью стрельбы, разворачиванием НП на высоте 4-5 метров на соснах. Занятия проходили в лесу напротив техникума (сегодня это парк имени Орешкова). В группах было много девочек, которые залезть на сосну не могли и, естественно, были наряды «вне очереди».
Студентов кормили в столовой, оборудованной в малом спортивном зале по карточкам. Положено было на сутки 600 гр. хлеба и миска похлебки из ржаных отрубей (делали галушки, которые тут же разваривались), заправлялась такая похлебка машинным льняным маслом. Бытовала такая пословица о похлебке: «Крупинка за крупинкой бегает с дубинкой».
Во внеурочное время коллектив преподавателей и учащихся оказывал большую помощь фронту. После учебы ходили в госпиталь (школа № 42) ухаживать за ранеными, ездили в колхозы сажать и убирать картошку, хлеб, сено…
На заводах и учебных мастерских было изготовлено оборонной продукции на сумму 107 тысяч рублей, отработанно на заводе 33164 человека-дня, изготовлено инструментов на 37 тыс. рублей в помощь железнодорожному транспорту, сельскому хозяйству. Собрано в фонд Красной Армии деньгами и облигациями 42360 рублей. Проводился сбор теплых вещей, отправлялись посылки на фронт. За оказанную помощь фронту коллектив техникума получил благодарность от И.В. Сталина.
Несмотря на трудности военного времени, техникум за годы войны подготовил 197 специалистов, которые работали по всей сети дорог и на ПВРЗ. Было организовано оснащение учебным оборудованием и пособиями на сумму более миллиона рублей.
Весь выпуск 1943 года уехал в освобожденный, лежащий в руинах Сталинград, восстанавливать локомотивные и вагонные депо, строить вокзалы, пункты технического осмотра и жилые дома.
Выпуск 1944 года был в основном оставлен на ПВРЗ и ВСЖД, но все же некоторых отправили на Юго-Восточную дорогу.
Выпуск 1945 года имел Всесоюзное распределение. Молодые специалисты поехали на восстановление железных дорог Северного Кавказа, Молдавии, Белоруссии, Украины. Среди них были студенты, вернувшиеся с фронта по ранению и продолжившие образование Петров Николай, Суслов Геннадий и другие.
В годы Великой Отечественной войны многие преподаватели и студенты сражались на фронте, получили высокие правительственные награды. Учащемуся Иванову Игорю Сергеевичу было присвоено звание Героя Советского Союза; учащийся Двойнишников И. получил пять правительственных наград. Многие из ушедших на фронт со студенческой скамьи продолжили образование в техникуме после войны. Среди них Ермилов Н.А., Железнов К.М., Преловский Л.С., которые после окончания техникума и высшего учебного заведения работали преподавателями.
«В день 9 мая 1945 года, который был обыкновенным рабочим днем Радио Москвы, голосом Юрия Левитана сообщило, что война окончилась! А дальше… ликованию людей не было границ. День был объявлен выходным. На улице незнакомые люди целовались, смеялись, пели и плакали.
А студенты и преподаватели техникума продолжали свою интересную жизнь, строили здание, благоустраивали территорию, создавали лабораторную базу, учили стихи и песни, сами их писали и учились, учились, учились, чтобы все восстановить, сделать жизнь краше и лучше.» (из воспоминаний Т.И.Железновой)